目前，我国产学研合作还存在层次不高、深度不够、资金不足、动力不够、存在脱节等五大问题。

由于缺少风险投资等原因，大量研究机构与企业的“合作创新”主要还是停留在技术转让、合作开发和委托开发等较低层次的合作上，企业一味要求科研人员提供能送到生产线上的技术成果，不愿承担科研风险。此外，许多大中型企业到大学、院所寻求合作，仅对一些短平快的项目有兴趣，而对事关行业发展的关键技术很少关心，对支持投入长期研究缺乏动力。

产学研三方都有各自的政府主管部门，这些职能部门都希望推进产学研合作，但又都希望保护各自基层单位的利益，部门、科研机构间条块分割依然存在，缺乏统一协调，成为产学研合作脱节的重要原因。

产学研协同创新是指企业、大学、科研院所（研究机构）三个基本主体投入各自的优势资源和能力，在政府、科技服务中介机构、金融机构等相关主体的协同支持下，共同进行技术开发的协同创新活动。这种创新活动是在产、学、研、政、介、金协同下完成的，其核心是产学研三方合作进行技术开发，政府通过法规、政策进行引导和鼓励，科技服务中介机构提供相关信息服务，金融机构提供资金支持，共同完成技术开发和技术创新活动。在政府的大力倡导下，我国产学研合作普遍开展，形式也多种多样，有的是在政府的协调下进行，有的是合作各方自发组织进行，取得了丰硕的成果。但我国产学研合作在推动科技成果产业化，形成协同创新的良好氛围的同时，也存在着一些亟待解决的问题。

产学研合作的层次不高

我国目前产学研合作主要还是停留在技术转让、合作开发和委托开发等较低层次的合作上，而共建研发机构及技术联盟、共建科技工贸一体化的经济实体等高层次的合作还比较少。调查表明，企业与大学、研究机构进行合作创新的类型主要是常规技术咨询（37%）和合同委托开发（33%）。造成这种情况的原因主要是企业自身技术力量薄弱，与科研方技术水平落差过大，一味要求科研方将科技成果直接送到生产线上，并负责技术支持和人员培训工作，这种绝对要求“交钥匙”的方式，使技术转化合作成本大大增加，并将风险不甚合理地过多转移给科研方。

产学研合作的深度不够

大多数产学研合作模式中，一般由企业出资金，高校和科研院所出技术和人力，进行新产品开发和生产中的技术研发。许多大中型企业到大学和科研院所寻求合作，仅对一些短平快的项目有兴趣，对那些事关行业发展的关键技术、共性技术则很少关心。造成这种深度协同创新不够局面的原因，一是企业本身的研发资金不足，融资也比较困难；二是由于技术创新的外部性，仿制和“搭便车”现象使企业的投资与收益不匹配。

产学研合作的资金不足

产学研协同创新同其他技术创新活动一样，合作各方都存在风险，也需要一定的资金作支撑。对于科研机构和高校来说，自身并不具备实现自我转化的资金实力，开拓市场也不是他们的优势。对于企业来说，面对承担高风险的巨大压力，往往对很多高新技术成果望而却步，或者对于大多数科技成果的转化工作，他们只愿意承担部分风险，希望政府通过有关政策(如补偿)或风险投资机构、金融机构介入共同承担风险。因此，能否有风险投资顺利介入科技成果的研究开发、中试、商品化和产业化活动，是产学研协同创新能否成功的关键。

产学研合作在国外均设有专门的合作基金，如美国、英国、日本等设立的科学基金、教育与工业或商业联合奖励基金、教育与企业合作奖励基金等等。这些基金从经济支撑条件方面保证了产学研合作过程中对资金的需求。据调查，我国目前尚无用于支持产学研合作的专项资金，缺乏稳定的产学研合作资金来源。已有的科技型中小企业技术创新基金、火炬计划等项目基金，对企业的技术创新和科技成果产业化起到了一定的促进作用，但由于资金总额有限，存在“量少面广”的问题。

产学研合作的动力不够

产学研合作各方处于不同的领域，各自追求的目标和价值观念也不一样，故使合作各方动力不足、活力不强。具体来说，高校、科研院所的教师和科研人员比较重视个人的荣誉，追求学术成就和实现自我价值，重理论轻实践，重名份轻功利。他们从事科研的目的是出论文、出专著，而对科技成果的应用既不重视也不在行。再加上职称评定的评价体系也不太重视科研成果的应用，主要以学术水平为衡量标准，这就使得教师和科研人员面向企业、面向市场、面向实际应用来做研发的动力不足。另外，由于高校和科研院所改革力度不够、分配机制不完善、利益分配不公现象的存在，也使高校、科研院所主动寻求与企业合作的活力不强。对于企业来说，从自身发展的长远利益考虑，对高校和科研院所的科技成果有一定程度的需求，但是我国企业特别是国有企业的经营班子实行任期制，这容易产生短期行为。经营者为了在任期内出成绩，往往会吃老本、拼设备，着重内部挖潜和节约成本，使财务报表更“好看”，而不考虑企业长远发展，只要眼前企业的产品能维持，就不再投入资金引进新技术、开发新产品，缺乏科技需求的内在动力和活力。

产学研脱节现象仍然存在

我国科技成果转化率低，企业发展依靠科技进步的因素小，创新速度慢，其原因之一是大学、科研院所没能找到与企业的结合点。我国的技术市场发展虽快，却是“三多三少”：各地为“科、企”搭桥的科技交流会、科技成果发布会多，而最终成交的项目少；科研院所、大专院校提供的科研成果、专利项目多，满足企业需要的项目少；在科技交流会上签订意向合同的多，会后达成协议实施成功的少。产学研合作的脱节还表现在没有很好利用游离于企业之外的大量科技资源，比如一些大型的实验设备和检测设备等。一些发达国家的仪器设备利用率高达170%-200%，而我国拥有的科学仪器设备的数量比欧盟的总量还多，但大多利用率不到25%，甚至更低。

一般来说，产学研三方都有各自的政府主管部门，这些职能部门都希望推进产学研合作，但又都希望保护各自基层单位的利益，部门、科研机构间条块分割依然存在，缺乏统一协调，这也是造成产学研合作脱节的原因之一。

专家认为，无论是完全竞争还是垄断市场结构下的创新，其创新水平都将低于社会最优水平。市场激励的作用在于运用强大的竞争压力去逼迫人们创新，又用高收益引诱人们冒创新风险。但市场自身并不能创造有利于创新的外部环境，如法律、税制、政策等。因此，必须要有一个创新的非市场激励机制，以弥补市场导致的创新水平与社会最优水平之间的差距。