当前，很多的研究集中于分析产学研战略联盟主体之间的合作动机，分析影响主体之间有效合作的深层次原因。例如，产业界与学研界的制度性差别使得产学研结合存在鸿沟。当前，高校的职称评价体系侧重于论文发表、鉴定及获奖情况，由此高校合作主体更多地将动机定位于科学研究，不愿费时、费力、冒风险做后续的中试和市场磨合工作。企业对研发活动的要求则是以市场需求为导向，以产生尽可能好的经济效益为目标；要求研发人员能够根据市场的需求，进行产品和技术的开发。因此，很多的研究关注如何促进产学研战略联盟主体之间合作的利益机制，例如产学研合作成果所产生利益的分享机制，保障利益分配的政策设计等。